Curso de formação: Publicação de dados de biodiversidade através do GBIF - Porto - 2019

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Objetivo do curso
Data e local
Descrição
Requisitos
Inscrição
Critérios de selecção dos alunos
Informações
Preparação do curso
Programa
Apresentações
Lista de participantes

 

Participantes no curso

Participantes no curso de formação. Para descarregar a imagem na resolução original, clique aqui

Objetivo do curso
O principal objetivo do curso é dar formação sobre as metodologias e ferramentas para a organização, preparação e publicação de dados de biodiversidade através do GBIF.

Data e local
26-28 de Junho de 2019, Museu de História Natural e da Ciência da Universidade do Porto, Biblioteca do Fundo Antigo.

Descrição
O curso, de cariz teórico-prático, é dirigido a investigadores ou professores, curadores de coleções biológicas e de história natural, colaboradores da administração pública ou do sector privado, gestores de áreas protegidas, e membros de ONGs que estejam ativamente envolvidos na catalogação, monitorização e gestão de dados de biodiversidade. Adicionalmente, este curso oferece a oportunidade de capacitação dos parceiros da Infraestrutura de Investigação PORBIOTA para a publicação de dados de biodiversidade através do GBIF.

O curso cobrirá os seguintes tópicos:

  • Padrões de dados e organização de dados de biodiversidade

  • Controlo de qualidade e limpeza dos dados

  • Publicação de dados através da plataforma GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT)

  • Preparação e publicação de um artigo de dados

Requisitos
Importante: É necessário os participantes trazerem portátil com possibilidade de ligação WiFi.
Idealmente, os participantes deste curso deverão trazer um conjunto de dados de biodiversidade para realizar as partes práticas de padronização, publicação e preparação de metadados e artigo de dados. No caso de não ter a possibilidade de trazer esse conjunto de dados, será fornecido um, como exemplo.

Inscrição
Pode efetuar a sua inscrição até 26 de Maio de 2019. Use para o efeito o formulário de inscrição. Para além dos seus dados, deverá informar sobre quais as motivações para participar no curso, e um pequeno resumo sobre a actividade anterior relacionada com dados de biodiversidade.

A lista de alunos seleccionada será publicada nesta página no dia 31 de Maio de 2019.

Critérios de selecção dos alunos
Devido ao número limitado de lugares, poderá ser necessário realizar a selecção das candidaturas, segundo os seguintes critérios:

  • Avaliação da motivação e experiência anterior;

  • A disponibilidade de um conjunto de dados próprio para publização

  • Número de candidaturas originárias da mesma instituição ou organização;

  • Ordem de inscrição.

Informações

Data: 26-28 de Junho de 2019
Local: Museu de História Natural e da Ciência da Universidade do Porto, Biblioteca do Fundo Antigo
Como chegar: Praça Gomes Teixeira, Porto. Ver informações em https://mhnc.up.pt/contactos/
Organização: Nó Português do GBIF, Instituto Superior de Agronomia e Museu de História Natural e da Ciência da Universidade do Porto, no âmbito do PORBIOTA
Formador: Rui Figueira (GBIF Portugal), Ricardo Jorge Lopes (MHNC-UP e CIBIO/InBIO)
Língua do curso: Português
Nº máximo de participantes: 20
Total de horas de formação: 27h
Data limite para candidatura: 26 de Maio de 2019
Preço de inscrição: gratuito
Contacto: node@gbif.pt
Inscrição: através do seguinte formulário

Preparação do curso
Os participantes que utilizem um conjunto de dados próprio para ser utilizado nas sessões práticas, devem compilar previamente a informação necessária, de forma a assegurar que têm todos os dados necessária para a criação de um recurso pronto a ser publicado através do GBIF, no final do curso.

1. Tabela de dados
Idealmente, a tabela de dados de ocorrência ou amostragem deve incluir a seguinte informação:
- nome científico da espécie, incluindo o nome do autor da espécie, assim como informação dos níveis taxonómicos superiores: Reino, Filo, Classe, Ordem, Família, Género;
- data de observação/colheita, nome do observador/colector
- local de observação ou colheita, assim como os níveis administrativos superiores: País, Distrito (Província), Município
- coordenada geográfica (se disponível), assim como o método pelo qual foram obtidas (GPS, a partir de uma carta, com Google maps...)
- nome do determinador/identificador da espécie
- no caso de amostragens ou inventários, a frequência/abundância/nº de indivíduos observados, assim como o protocolo de amostragem (e.g. captura com armadilha) e esforço de amostragem (e.g. duração da captura)
- notas sobre o habitat, notas sobre o local, notas sobre a ocorrência (e.g associado a outras espécies)

2. Descrição dos dados
A descrição dos dados (metadados) requer também a compilação da seguinte informação:
- nome da entidade detentora dos dados
- resumo sobre o conjunto de dados (tipo de fonte, cobertura taxonómica, cobertura geográfica e temporal do conjunto de dados)
- descrição sobre a cobertura geográfica, taxonómica, temporal
- se aplicável, informação sobre o projeto no qual se obtiveram os dados, incluindo fontes de financiamento, descrição da área de estudo e metodologia
- descrição sobre a área de estudo, metodologia de amostragem, controlo de qualidade e diferentes passos da realização do trabalho
- referências bibliográficas de recursos utilizados para preparar o conjunto de dados, assim como de recursos que utilizaram os dados.

Normalmente esta informação está disponível nos projectos ou trabalhos realizados sobre o âmbito do conjunto de dados, pelo que a listagem aqui feita, não sendo exautiva, serve para assegurar que esta informação está acessível durante o curso.

 

Programa

(descarregar programa em pdf)

Dia 1, Quarta-feira, 26 de Junho

09:00-09:30h - Bloco 0 - Apresentação
0.1. Boas-vindas
0.2. Apresentação dos participantes

09:30-10:30h - Bloco 1 - Introdução geral
1.1. O panorama da informática para a biodiversidade e o papel do GBIF
1.2. Importância da publicação de dados através do GBIF
1.3. Ciência Aberta e Dados Abertos
1.4. Fluxo de publicação de dados através do GBIF

10:30-11:00h - Intervalo

11:00-12:30h - Bloco 2 - Qualidade e limpeza de dados
2.1. Introdução ao padrão de dados Darwin Core
2.2. Conceitos de qualidade de dados e controlo de qualidade
    2.2.1. Dados taxonómicos
    2.2.2. Dados geográficos
    2.2.3. Pessoas e entidades, datas
    3.2.4. Dados sensíveis
2.3. Ferramentas e recursos para a limpeza de dados

12:30-14:00h - Intervalo para almoço

14:00-16:00h - Bloco 3 - Qualidade e limpeza de dados (prática) - I
3.1. Boas práticas para o uso de folhas de cálculo no manuseamento de dados
3.2. Prática de uso de ferramentas e folhas de cálculo

16:00-16:30h - Intervalo

16:00-18:00h - Bloco 4 - Qualidade e limpeza de dados (prática) - II
4.1. OpenRefine: demonstração e exemplos
4.2. Prática de limpeza de dados com OpenRefine

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Dia 2, Quinta-feira, 27 de Junho

09:00-10:30h - Bloco 5 - Padrão de dados Darwin Core
5.1. Padrão de dados Darwin Core: termos, conceitos e exemplos
5.2. Preparação de um conjunto de dados segundo o padrão de dados Darwin Core (prática)

10:30-11:00h - Intervalo

11:00-12:30h - Bloco 6 - Padrão de dados Darwin Core (prática)
6.1. Preparação de um conjunto de dados segundo o padrão de dados Darwin Core (continuação)

12:30-14:00h - Intervalo para almoço

14:00-16:00h - Bloco 7 - Plataforma Integrated Publishing Toolkit (IPT)
7.1. Introdução à plataforma IPT: estrutura, metadados, extensões, publicação, registo
7.2. Preparação de um conjunto de dados para publicação com IPT (prática)

16:00-16:30h - Intervalo

16:30-18:00h - Bloco 8 - Plataforma Integrated Publishing Toolkit (IPT) (prática)
8.1. Preparação de um conjunto de dados para publicação com IPT (continuação)

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Dia 3, Sexta-feira, 28 de Junho

09:00-10:30h - Bloco 9 - Preparação de um artigo de dados
9.1. Vantagens da publicação de artigos de dados e exemplos
9.2. Demonstração da preparação de um artigo de dados utilizando o IPT

10:30-11:00h - Intervalo

11:00-12:30h - Bloco 10 - Preparação de um artigo de dados (prática) - I
10.1. Preparação de um artigo de dados utilizando o IPT (prática)

12:30-14:00h - Intervalo para almoço

14:00-16:00h - Bloco 11 - Preparação de um artigo de dados (prática) - II
11.1. Preparação de um conjunto de dados para publicação com IPT (continuação)

16:00-16:30h - Intervalo

16:30-18:00h - Bloco 12 - Conclusão e avaliação do curso
12.1. Sumário, discussão, conclusões e avaliação do curso

Apresentações

Sessão 00 - cursoPublicacaoGBIF - apresentacao
Sessão 01 - cursoPublicacaoGBIF - introducao
Sessão 02 - cursoPublicacaoGBIF - DarwinCore
Sessão 03 - cursoPublicacaoGBIF - QualidadeDados
Sessão 04 - cursoPublicacaoGBIF - Georreferenciacao
Sessão 05 - cursoPublicacaoGBIF - FolhasCalculo
Sessão 06 - cursoPublicacaoGBIF - OpenRefine
Sessão 07 - cursoPublicacaoGBIF - IPT
Sessão 08 - cursoPublicacaoGBIF - DataPapers

Lista de Participantes

ID Nome completo Organização País
1 Ana Catarina Patoilo Teixeira Faculdade de Ciências da Universidade do Porto e CIBIO-inBIO (grupo LPDM) Portugal
2 Ana Cristina Francisco Rufino Museu da Ciência da Universidade de Coimbra Portugal
3 Ana Genua Olmedo CESAM & Universidade de Aveiro Portugal
4 André Breves Ramos Museu da Ciência da Universidade de Coimbra Portugal
5 Bárbara Baptista Freitas CIBIO/FCUP Portugal
6 Cristiana Vieira MHNC-UP Portugal
7 Fábio Emanuel Lopes de Matos CESAM/Universidade de Aveiro Portugal
8 Hélio Ferreira Circunforce, Unipessoal lda Portugal
9 Luís Carlos Seabra CIBIO - Research Center in Biodiversity and Genetic Resources (Univ. of Porto) Portugal
10 Ninda Lara Baptista CIBIO Portugal
11 Pedro Miguel Vieira Faria FCUP; MHNC-UP Portugal
12 Pedro Reis de Sousa CIBIO/InBIO – Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Universidade do Porto Portugal
13 Raquel Sofia Costa Martins Departamento de Biologia da Universidade de Aveiro Portugal
14 Ricardo Carvalho Vicente Paredes Museu da Ciência da Universidade de Coimbra Portugal
15 Sonia AF Ferreira CIBIO-UP Portugal

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