Curso de formação: Publicação de dados através do GBIF e elaboração de artigos de dados - Açores - 2019

Objetivo do curso
Data e local
Descrição
Participantes
Requisitos
Inscrição
Informações
Preparação do curso
Programa
Apresentações
Lista de participantes

 

Participantes no curso

Participantes no curso de formação em Angra do Heroísmo. Para descarregar a imagem na resolução original, clique aqui

 

Participantes no curso

Participantes no curso de formação em Ponta Delgada. Para descarregar a imagem na resolução original, clique aqui

Objetivo do curso
O principal objetivo do curso é dar formação sobre os padrões de dados, metodologias e ferramentas preparação e publicação de dados de biodiversidade através do GBIF, e sobre a preparação de artigos de dados com base nos metadados dos conjuntos de dados.

Datas e locais
Angra do Heroísmo: 11-12 Junho 2019

Ponta Delgada: 13-14 Junho 2019

Descrição
Este curso é desenvolvido em colaboração com o AZORESBIOPORTAL - PORBIOTA (ACORES-01-0145-FEDER-000072) , com o principal objetivo de dar formação sobre os protocolos de dados, metodologias e ferramentas para a organização, preparação e publicação de dados de biodiversidade através do GBIF. Será também abordada a criação de artigos de dados, com base nos metadados de descrição de conjuntos de dados. O curso, de cariz teórico-prático, é dirigido à equipa do AZORESBIOPORTAL - PORBIOTA, componente regional da infraestrutura de investigação PORBIOTA, e visa capacitar os parceiros da Infraestrutura de Investigação PORBIOTA para a publicação de dados de biodiversidade através do GBIF.

O curso cobrirá os seguintes tópicos:

  • Padrões de dados e organização de dados de biodiversidade

  • Controlo de qualidade e limpeza dos dados

  • Publicação de dados através da plataforma GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT)

  • Preparação e publicação de um artigo de dados

Participantes
O curso é aberto a membros da equipa e colaboradores do projecto AZORESBIOPORTAL – PORBIOTA.

Requisitos
Os participantes da sessão de Angra do Heroísmo devem trazer portátil, com browser para acesso à internet e folha de cálculo. Para os participantes da Ponta Delgada, o portátil é facultativo. Se possível, deve fazer a pré-instalação de OpenRefine (http://openrefine.org). Não é necessário a instalação de qualquer outro software.

Idealmente, os participantes deste curso deverão trazer um conjunto de dados de biodiversidade para realizar as partes práticas de padronização, publicação e preparação de metadados e artigo de dados. No caso de não ter a possibilidade de trazer esse conjunto de dados, será fornecido um, como exemplo.

Inscrição
Apesar de ser reservado a membros da equipa do projecto AZORESBIOPORTAL – PORBIOTA, recomenda-se a inscrição para facilitar comunicações na preparação do curso, e follow-up após o mesmo. Pode efetuar a sua inscrição até 20 de Maio de 2019. Use para o efeito o formulário de inscrição. Solicita-se um pequeno resumo sobre a actividade anterior relacionada com dados de biodiversidade.

A lista de alunos participantes será publicada nesta página no dia 25 de Maio de 2019.

Informações

Datas e locais:
11-12 de Junho de 2019, Angra do Heroísmo, Campus Universitário, Edificio Interdepartamental, Faculdade de Ciências Agrárias e do Ambiente (Grupo da Biodiversidade dos Açores - GBA-cE3c)
13-14 de Junho de 2019, Ponta Delgada, Campus Universitário, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Dep. de Biologia.
Organização: Nó Português do GBIF, Instituto Superior de Agronomia e Universidade dos Açores, no âmbito do AZORESBIOPORTAL - PORBIOTA
Formador: Rui Figueira
Língua do curso: Português
Nº máximo de participantes: 20 em cada um dos cursos
Total de horas de formação: 18h
Data limite para candidatura: 20 de Maio de 2019
Preço de inscrição: gratuito
Contacto: node@gbif.pt
Inscrição: através do seguinte formulário

Preparação do curso
Os participantes da sessão de Angra do Heroísmo devem trazer portátil, com browser para acesso à internet e folha de cálculo. Para os participantes da Ponta Delgada, o portátil é facultativo. Se possível, deve fazer a pré-instalação de OpenRefine (http://openrefine.org). Não é necessário a instalação de qualquer outro software.

Os participantes que utilizem um conjunto de dados próprio para ser utilizado nas sessões práticas, devem compilar previamente a informação necessária, de forma a assegurar que têm todos os dados necessária para a criação de um recurso pronto a ser publicado através do GBIF, no final do curso.

1. Tabela de dados
Idealmente, a tabela de dados de ocorrência ou amostragem deve incluir a seguinte informação:
- nome científico da espécie, incluindo o nome do autor da espécie, assim como informação dos níveis taxonómicos superiores: Reino, Filo, Classe, Ordem, Família, Género;
- data de observação/colheita, nome do observador/colector
- local de observação ou colheita, assim como os níveis administrativos superiores: País, Distrito (Província), Município
- coordenada geográfica (se disponível), assim como o método pelo qual foram obtidas (GPS, a partir de uma carta, com Google maps...)
- nome do determinador/identificador da espécie
- no caso de amostragens ou inventários, a frequência/abundância/nº de indivíduos observados, assim como o protocolo de amostragem (e.g. captura com armadilha) e esforço de amostragem (e.g. duração da captura)
- notas sobre o habitat, notas sobre o local, notas sobre a ocorrência (e.g associado a outras espécies)

2. Descrição dos dados
A descrição dos dados (metadados) requer também a compilação da seguinte informação:
- nome da entidade detentora dos dados
- resumo sobre o conjunto de dados (tipo de fonte, cobertura taxonómica, cobertura geográfica e temporal do conjunto de dados)
- descrição sobre a cobertura geográfica, taxonómica, temporal
- se aplicável, informação sobre o projeto no qual se obtiveram os dados, incluindo fontes de financiamento, descrição da área de estudo e metodologia
- descrição sobre a área de estudo, metodologia de amostragem, controlo de qualidade e diferentes passos da realização do trabalho
- referências bibliográficas de recursos utilizados para preparar o conjunto de dados, assim como de recursos que utilizaram os dados.

Normalmente esta informação está disponível nos projectos ou trabalhos realizados sobre o âmbito do conjunto de dados, pelo que a listagem aqui feita, não sendo exautiva, serve para assegurar que esta informação está acessível durante o curso.

 

Programa

(descarregar programa em pdf)

Dia 1

09:00-09:30h - Bloco 0 - Apresentação
0.1. Boas-vindas
0.2. Apresentação dos participantes

09:30-10:30h - Bloco 1 - Introdução geral
1.1. O panorama da informática para a biodiversidade e o papel do GBIF
1.2. Importância da publicação de dados através do GBIF
1.3. Ciência Aberta e Dados Abertos
1.4. Fluxo de publicação de dados através do GBIF

10:30-11:00h - Intervalo

11:00-12:30h - Bloco 2 - Qualidade e limpeza de dados - I
2.1. Conceitos de qualidade de dados e controlo de qualidade
    2.1.1. Dados taxonómicos
    2.1.2. Dados geográficos
    2.1.3. Pessoas e entidades, datas
    2.1.4. Dados sensíveis
2.2. Ferramentas e recursos para a limpeza de dados
2.3. OpenRefine: demonstração e exemplos

12:30-14:00h - Intervalo para almoço

14:00-16:00h - Bloco 3 - Qualidade e limpeza de dados - II
3.1. Prática de limpeza de dados com OpenRefine
3.2. Controlo de qualidade de Dados Geográficos
3.3. Prática de controlo de qualidade de Dados Geográficos

16:00-16:30h - Intervalo

16:0-18:00h - Bloco 4 - Padrão de dados Darwin Core
4.1. Padrão de dados Darwin Core: termos, conceitos e exemplos
4.2. Preparação de um conjunto de dados segundo o padrão de dados Darwin Core (prática)

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Dia 2

09:00-10:30h - Bloco 5 - Plataforma Integrated Publishing Toolkit (IPT)
5.1. Introdução à plataforma IPT: estrutura, metadados, extensões, publicação, registo
5.2. Preparação de um conjunto de dados para publicação com IPT (prática)

10:30-11:00h - Intervalo

11:00-12:30h - Bloco 5 - Plataforma Integrated Publishing Toolkit (IPT) (continuação)
5.3. Preparação de um conjunto de dados para publicação com IPT (prática)

12:30-14:00h - Intervalo para almoço

14:00-16:00h - Bloco 6 - Preparação de um artigo de dados
6.1. Vantagens da publicação de artigos de dados e exemplos
6.2. Demonstração da preparação de um artigo de dados utilizando o IPT

16:00-16:30h - Intervalo

16:30-17:30h - Bloco 7 - Preparação de um artigo de dados utilizando o IPT (prática)
7.1. Preparação de um artigo de dados utilizando o IPT (prática)

17:30-18:00h - Bloco 8 - Conclusão e avaliação do curso
8.1. Sumário, discussão, conclusões e avaliação do curso

Apresentações

Apresentações utilizadas durante o curso:

Sessão 00 - cursoPublicacaoGBIF - apresentacao
Sessão 01 - cursoPublicacaoGBIF - introducao
Sessão 02 - cursoPublicacaoGBIF - DarwinCore
Sessão 03 - cursoPublicacaoGBIF - QualidadeDados
Sessão 04 - cursoPublicacaoGBIF - Georreferenciacao
Sessão 05 - cursoPublicacaoGBIF - OpenRefine
Sessão 06 - cursoPublicacaoGBIF - IPT
Sessão 07 - cursoPublicacaoGBIF - DataPapers

Lista de Participantes

ID Nome Completo Organização País
1 Alejandra Ros-Prieto Grupo da Biodiversidade dos Açores Portugal
2 Ana Cristina de Matos Ricardo da Costa FCT_Universidade dos Açores; CIBIO/InBio Portugal
3 Ana Isabel de Melo Azevedo Neto GBA/cE3c-Grupo de Biodiversidade dos Açores/Centro de Ecologia, Evolução e Alterações Ambientais Portugal
4 Ana Luísa Coderniz Picanço GBA/IBBC - cE3c Portugal
5 Andrea Zita Costa Botelho CIBIO Açores Portugal
6 António Onofre Costa Miranda Soares Universidade dos Açores Portugal
7 Cândida Sofia Guerreiro Ramos Universidade dos Açores, pólo de Angra do Heroísmo Portugal
8 Catarina Ritter CIBIO-Açores Portugal
9 Clara Polaino Martín University of the Azores Portugal
10 Daniela Gabriel CIBIO-Açores Portugal
11 Diogo Pavão CIBIO-Açores Portugal
12 Elisabete Furtado Dias Universidade dos Açores Portugal
13 Enésima Pereira Mendonça Grupo da biodiversidade dos Açores Portugal
14 Hugo Renato Marques Garcia Calado Santa Casa da Misericórdia da Ribeira Grande Portugal
15 Ignacio Moreu Badia GBA/cE3c-Grupo de Biodiversidade dos Açores/Centro de Ecologia, Evolução e Alterações Ambientais Portugal
16 Isabel Borges University of the Azores Portugal
17 Isabel Maria Amorim do Rosário GBA Portugal
18 João Pedro da Silva Ramos Barreiros Universidade dos Açores Portugal
19 José Manuel Viegas Oliveira Neto Azevedo GBA/cE3c-Grupo de Biodiversidade dos Açores/Centro de Ecologia, Evolução e Alterações Ambientais Portugal
20 Lara Sofia Pereira Dutra da Silva CIBIO/InBIO Universidade dos Açores Portugal
21 Lucas Lamelas López Grupo da Biodiversidade dos Açores Portugal
22 Lurdes Da Conceição Borges Silva CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO Laboratório Associado, Universidade dos Açores Portugal
23 Manuela Isabel Paente Cardoso CIBIO/InBio, Universidade dos Açores Portugal
24 Maria Teresa Monteiro da Rocha Bravo Ferreira Grupo da Biodiversidade dos Açores Portugal
25 Paulo Alexandre Vieira Borges Grupo da Biodiversidade dos Açores Portugal
26 Rosalina Gabriel University of the Azores Portugal
27 Rui Miguel dos Santos Carvalho cE3c - Grupo da Biodiversidade dos açores Portugal
28 Rui Miguel Pires Bento da Silva Elias CE3C/ABG, Universidade dos Açores, Faculdade de Ciências Agrárias e do Ambiente Portugal
29 Sérgio Ávila CIBIO-Açores Portugal
30 Sophie Wallon Grupo da Biodiversidade dos Açores (Terceira) Portugal
31 Vítor Manuel da Costa Gonçalves CIBIO-Açores Portugal
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