Objetivo do curso
Data e local
Descrição
Requisitos
Inscrição
Critérios de selecção dos alunos
Informações
Preparação do curso
Programa
Apresentações
Exercícios
Lista de participantes
Participantes no curso de formação. Para descarregar a imagem na resolução original, clique aqui
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Objetivo do curso
O principal objetivo do curso é dar formação sobre as metodologias e ferramentas para a organização, preparação e publicação de dados de biodiversidade através do GBIF.
Data e local
04-06 de Dezembro de 2023, Museu de História Natural e da Ciência da Universidade do Porto, Biblioteca do Fundo Antigo.
Descrição
O curso, de cariz teórico-prático, é dirigido a investigadores ou professores, curadores de coleções biológicas e de história natural, colaboradores da administração pública ou do sector privado, gestores de áreas protegidas, e membros de ONGs que estejam ativamente envolvidos na catalogação, monitorização e gestão de dados de biodiversidade.
O curso cobrirá os seguintes tópicos:
-
Padrões de dados e organização de dados de biodiversidade
-
Controlo de qualidade e limpeza dos dados
-
Publicação de dados através da plataforma GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT)
-
Preparação e publicação de um artigo de dados
Requisitos
Importante: É necessário os participantes trazerem portátil com possibilidade de ligação WiFi.
Idealmente, os participantes deste curso deverão trazer um conjunto de dados de biodiversidade para realizar as partes práticas de padronização, publicação e preparação de metadados e artigo de dados. No caso de não ter a possibilidade de trazer esse conjunto de dados, será fornecido um, como exemplo.
Inscrição
Pode efetuar a sua inscrição até 24 de Novembro de 2023. Use para o efeito o formulário de inscrição. Para além dos seus dados, deverá informar sobre quais as motivações para participar no curso, e um pequeno resumo sobre a actividade anterior relacionada com dados de biodiversidade.
A lista de alunos seleccionada será publicada nesta página no dia 29 de Novembro de 2023.
Critérios de selecção dos alunos
Devido ao número limitado de lugares, poderá ser necessário realizar a selecção das candidaturas, segundo os seguintes critérios:
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Avaliação da motivação e experiência anterior;
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A disponibilidade de um conjunto de dados próprio para publicação
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Número de candidaturas originárias da mesma instituição ou organização;
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Ordem de inscrição.
Data: 04-06 de Dezembro de 2023
Local: Museu de História Natural e da Ciência da Universidade do Porto, Biblioteca do Fundo Antigo
Como chegar: Praça Gomes Teixeira, Porto. Ver informações em https://mhnc.up.pt/contactos/
Organização: Nó Português do GBIF, Instituto Superior de Agronomia e Museu de História Natural e da Ciência da Universidade do Porto
Formador: Rui Figueira (GBIF Portugal), Ricardo Jorge Lopes (MHNC-UP e CIBIO/InBIO)
Língua do curso: Português
Nº máximo de participantes: 20
Total de horas de formação: 24h
Data limite para candidatura: 24 de Novembro de 2023
Preço de inscrição: gratuito
Contacto: node@gbif.pt
Inscrição: através do seguinte formulário
Preparação do curso
Os participantes que utilizem um conjunto de dados próprio para ser utilizado nas sessões práticas, devem compilar previamente a informação necessária, de forma a assegurar que têm todos os dados necessária para a criação de um recurso pronto a ser publicado através do GBIF, no final do curso.
1. Tabela de dados
Idealmente, a tabela de dados de ocorrência ou amostragem deve incluir a seguinte informação:
- nome científico da espécie, incluindo o nome do autor da espécie, assim como informação dos níveis taxonómicos superiores: Reino, Filo, Classe, Ordem, Família, Género;
- data de observação/colheita, nome do observador/colector
- local de observação ou colheita, assim como os níveis administrativos superiores: País, Distrito (Província), Município
- coordenada geográfica (se disponível), assim como o método pelo qual foram obtidas (GPS, a partir de uma carta, com Google maps...)
- nome do determinador/identificador da espécie
- no caso de amostragens ou inventários, a frequência/abundância/nº de indivíduos observados, assim como o protocolo de amostragem (e.g. captura com armadilha) e esforço de amostragem (e.g. duração da captura)
- notas sobre o habitat, notas sobre o local, notas sobre a ocorrência (e.g associado a outras espécies)
2. Descrição dos dados
A descrição dos dados (metadados) requer também a compilação da seguinte informação:
- nome da entidade detentora dos dados
- resumo sobre o conjunto de dados (tipo de fonte, cobertura taxonómica, cobertura geográfica e temporal do conjunto de dados)
- descrição sobre a cobertura geográfica, taxonómica, temporal
- se aplicável, informação sobre o projeto no qual se obtiveram os dados, incluindo fontes de financiamento, descrição da área de estudo e metodologia
- descrição sobre a área de estudo, metodologia de amostragem, controlo de qualidade e diferentes passos da realização do trabalho
- referências bibliográficas de recursos utilizados para preparar o conjunto de dados, assim como de recursos que utilizaram os dados.
Normalmente esta informação está disponível nos projectos ou trabalhos realizados sobre o âmbito do conjunto de dados, pelo que a listagem aqui feita, não sendo exautiva, serve para assegurar que esta informação está acessível durante o curso.
(descarregar programa em pdf)
Dia 1, Segunda-feira, 04 de Dezembro
09:00-09:30h - Bloco 0 - Apresentação
0.1. Boas-vindas - Apresentação
0.2. Apresentação dos participantes
09:30-10:30h - Bloco 1 - Introdução geral
1.1. O panorama da informática para a biodiversidade e o papel do GBIF - Apresentação
1.2. Importância da publicação de dados através do GBIF
1.3. Ciência Aberta e Dados Abertos
1.4. Fluxo de publicação de dados através do GBIF
10:30-11:00h - Intervalo
11:00-12:30h - Bloco 2 - Qualidade e limpeza de dados
2.1. Introdução ao padrão de dados Darwin Core - Apresentação
2.2. Conceitos de qualidade de dados e controlo de qualidade - Apresentação
2.2.1. Dados taxonómicos
2.2.2. Dados geográficos - Apresentação
2.2.3. Pessoas e entidades, datas
3.2.4. Dados sensíveis
2.3. Ferramentas e recursos para a limpeza de dados
12:30-14:00h - Intervalo para almoço
14:00-16:00h - Bloco 3 - Qualidade e limpeza de dados (prática) - I
3.1. Boas práticas para o uso de folhas de cálculo no manuseamento de dados - Apresentação
3.2. Prática de uso de ferramentas e folhas de cálculo - Exercício 1
16:00-16:30h - Intervalo
16:00-18:00h - Bloco 4 - Qualidade e limpeza de dados (prática) - II
4.1. OpenRefine: demonstração e exemplos - Apresentação
4.2. Prática de limpeza de dados com OpenRefine - Exercício 2
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Dia 2, Terça-feira, 05 de Dezembro
09:00-10:30h - Bloco 5 - Padrão de dados Darwin Core
5.1. Padrão de dados Darwin Core: termos, conceitos e exemplos- Apresentação
5.2. Preparação de um conjunto de dados segundo o padrão de dados Darwin Core (prática)
10:30-11:00h - Intervalo
11:00-12:30h - Bloco 6 - Padrão de dados Darwin Core (prática)
6.1. Preparação de um conjunto de dados segundo o padrão de dados Darwin Core (continuação)
12:30-14:00h - Intervalo para almoço
14:00-16:00h - Bloco 7 - Plataforma Integrated Publishing Toolkit (IPT)
7.1. Introdução à plataforma IPT: estrutura, metadados, extensões, publicação, registo - Apresentação
7.2. Preparação de um conjunto de dados para publicação com IPT (prática)
- Templates de tabela: Ocorrências, Eventos de Amostragem, Checklist.
- Exemplos de datasets: http://ipt.gbif.pt.
- Servidor IPT de teste: http://194.210.120.147:8080
- Darwin Core quick reference guide: https://dwc.tdwg.org/terms/
- GBIF Data Validator: https://www.gbif.org/tools/data-validator
- Dados para exercício:
16:00-16:30h - Intervalo
16:30-18:00h - Bloco 8 - Plataforma Integrated Publishing Toolkit (IPT) (prática)
8.1. Preparação de um conjunto de dados para publicação com IPT (continuação)
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Dia 3, Quarta-feira, 06 de Dezembro
09:00-10:30h - Bloco 9 - Preparação de um artigo de dados
9.1. Vantagens da publicação de artigos de dados e exemplos - Apresentação
9.2. Demonstração da preparação de um artigo de dados utilizando o IPT
10:30-11:00h - Intervalo
11:00-12:30h - Bloco 10 - Preparação de um artigo de dados (prática) - I
10.1. Preparação de um artigo de dados utilizando o IPT (prática)
12:30-14:00h - Intervalo para almoço
14:00-16:00h - Bloco 11 - Preparação de um artigo de dados (prática) - II
11.1. Preparação de um conjunto de dados para publicação com IPT (continuação)
16:00-16:30h - Intervalo
16:30-17:00h - Bloco 12 - Conclusão e avaliação do curso
12.1. Sumário, discussão, conclusões e avaliação do curso
Sessão 00 - cursoPublicacaoGBIF - apresentacao
Sessão 01 - cursoPublicacaoGBIF - introducao
Sessão 02 - cursoPublicacaoGBIF - DarwinCore
Sessão 03 - cursoPublicacaoGBIF - QualidadeDados
Sessão 04 - cursoPublicacaoGBIF - Georreferenciacao
Sessão 05 - cursoPublicacaoGBIF - FolhasCalculo
Sessão 06 - cursoPublicacaoGBIF - OpenRefine
Sessão 07 - cursoPublicacaoGBIF - IPT
Sessão 08 - cursoPublicacaoGBIF - DataPapers
Sessão 05 - cursoPublicacaoGBIF - Exercício 1
Sessão 06 - cursoPublicacaoGBIF - Exercício 2
| ID | Nome | Organização |
| 1 | Adriana Sofia de Sousa Padilha | Associação BIOPOLIS e Faculdade de Ciências da Universidade do Porto(FCUP) |
| 2 | Ana Sofia Carvalho Soares | CIIMAR - Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Universidade do Porto |
| 3 | Armando Albertino Esteves da Silva Loureiro | Instituto da Conservação da Natureza e das Florestas |
| 4 | Cristiana Vieira | Museu de História Natural e da Ciência da Universidade do Porto |
| 5 | Dinis de Castro Girão | Associação BIOPOLIS/CIBIO |
| 6 | Eduardo Kivete Lutondo | Associação BIOPOLIS/CIBIO |
| 7 | Francisco Vilas Boas Gil | |
| 8 | João Pedro Oliveira Reis | Museu de História Natural e da Ciência da Universidade do Porto |
| 9 | José Manuel Grosso Ferreira da Silva | Museu de História Natural e da Ciência da Universidade do Porto |
| 10 | Letícia Veiga Mauro | Associação BIOPOLIS/CIBIO |
| 11 | Luís Carlos Rodrigues Machado | CBMA - Centro de Biologia Molecular e Ambiental (Uminho) |
| 12 | Maria Jose Naranjo Perez | Universidade do Porto |
| 13 | Miguel Vanzeller Gonçalves Rodrigues | Universidade de Aveiro |
| 14 | Rui André Magalhães Andrade | Associação BIOPOLIS |
| 15 | Sandra Estela Moreno Fernández | Universidade do Porto e CIBIO |
| 16 | Sérgio Timóteo | Centre for Functional Ecology - Universidade de Coimbra |
