TROPIBIO, the Technical University of the Atlantic, GBIF Portugal, and the Higher Institute of Agronomy presents the Advanced training in biodiversity data mobilization in Cabo Verde. The course took place from July 11 to July 15, 2022 in the Institute of Engineering and Marine Sciences, Technical University of the Atlantic, Campus da Ribeira de Julião, São Vicente, Cabo Verde.
This course is designed for students and professionals in Biological Sciences and similar areas who wish to acquire skills in the area of biodiversity data mobilization. The course will allow participants to undertake efforts to acquire and mobilize biodiversity data using the Darwin Core Standards (https://www.tdwg.org/standards/dwc/), a biodiversity information standard widely accepted by the scientific community. internationally, as well as the publication of biodiversity data in the Global Biodiversity Information Facility – GBIF database (https://www.gbif.org/).
The course covers the entire process of mobilizing biodiversity data from collection to insertion into databases to publication. The course are divided into five modules:
M1 - Field and in situ biodiversity data collection;
M2 – Quality of biodiversity data in OpenRefine;
M3 - Georeferencing and mapping of data using the Geolocate tool;
M4 – Publication of biodiversity data in GBIF;
M5:
- 5.1 Basic notions about data analysis and map production in R;
- 5.2 Maps in QGIS;
- 5.3 The wonderful world of R.
Trainers:
Raquel Vasconcelos, Evandro Lopes, Rui Figueira, Fernanda Alves Martins, Javier Martinez Arribas, Richard Ladle, Rui Freitas
Date and Place:
11-15 July 2022 (9:00h-18:00h),
Instituto de Engenharias e Ciências do Mar, Universidade Técnica do Atlântico, Campus da Ribeira de Julião, São Vicente, Cabo Verde.
Total training hours: 35 hours
Language: Português
Programa, incluindo materiais do curso
Sessão de Abertura
Abertura oficial: Prof Dr Henrique Rendall, Presidente do Instituto de Engenharias e Ciências do Mar, Universidade Técnica do Atlântico
Apresentação do Tropibio/CIBIO/BIOPOLIS – Richard Ladle (Associação BIOPOLIS - CIBIO/InBIO)
M1 - Colheita de dados de biodiversidade in situ
1.1. Preparação de folhas de campo pelos formandos em grupos dos grupos-alvo à escolha (aprendizagem por projecto). Envio da ficha de campo:
raquel.vasconcelos@cibio.up.pt
1.2. Preenchimento das folhas de campo no terreno
M2 - Qualidade dos dados de biodiversidade em OpenRefine;
Bloco 1 - Introdução geral - 60 min
1.1. Introdução à informática para a Biodiversidade - Apresentação
1.2. Dados abertos e qualidade dos dados - Apresentação
Bloco 2 - Princípios para a qualidade de dados - 60 min
2.1. Princípios de qualidade de dados - Apresentação
2.2. Ontologias e padrões de dados de biodiversidade - Apresentação
Bloco 3 - Ferramentas e protocolos para a qualidade de dados - 90 min
3.1. Ferramentas e recursos para a qualidade de dados - Apesentação
3.2. Boas práticas para o uso de folhas de cálculo no manuseamento de dados - Apresent.
3.3. Prática de uso de ferramentas e folhas de cálculo - Exercício 01
Bloco 4 - OpenRefine - 120 min
4.1. OpenRefine I – deteção e correção de erros - Apresentação
4.2. Prática de uso do OpenRefine - I - Exercício 02
4.3. OpenRefine II – scripts para a correção de dados
4.4. Prática OpenRefine II – scripts - Exercício 03
Bloco 5 - Qualidade de dados taxonómicos - 30 min
5.1. Qualidade e correção de dados taxonómicos - Apresentação
M3 - Georreferenciação e mapeamento dos dados utilizando a ferramenta Geolocate;
Bloco 1 - Introdução geral - 30 min
1.1. Breve introdução à georreferenciação - Apresentação
Bloco 2 - Preparação da georreferenciação - 60 min
2.1. Preparar a georeferenciação - dados e ferramentas - Apresentação
2.2. Prática - Georreferenciação - preparação dos dados - Apresentação, Exercício 04
Bloco 3 - Limpeza dos dados com Openrefine - 60 min
3.1. Prática - Georreferenciação - limpeza dos dados com Openrefine - Exercício 05
Bloco 4 - Georreferenciação - Qualidade de dado - 30 min
4.1. Georreferenciação - Qualidade de dados - Apresentação
Bloco 5 - Fontes de dados e SIG - 60 min
5.1. Fontes de dados geográficos - Apresentação
5.2. Determinação de coordenadas em diferentes fontes - Apresentação
5.3. Introdução ao QGIS - Apresentação, guião
5.4. Prática - QGIS e georreferenciação de imagens - Exercício 06
Bloco 6 - Georreferenciação - 60 min
6.1. O exercício de georreferenciação - Apresentação
6.2. Guia prático de georreferenciação - guião
6.3. Prática - A ferramenta Georeferencing Calculator - Apresentação, Exercício 07
Bloco 7 - Geolocate - 60 min
7.1. Introdução ao Geolocate - Apresentação, guião
7.2. Prática - Prática de Geolocate - Exercício 08
7.3. Georreferenciação de lotes de registos com Geolocate - guião
7.4. Prática - Exercício de georreferenciação de lotes de registos- Exercício 09
M4 – Publicação dos dados de biodiversidade no GBIF
Bloco 1 - Introdução geral - 120 min
1.1. O panorama da informática para a biodiversidade e o papel do GBIF - Apresentação
1.3. Importância da publicação de dados através do GBIF
1.4. Ciência Aberta e Dados Abertos
1.5. Fluxo de publicação de dados através do GBIF
Bloco 2 - Padrão de dados Darwin Core - 90 min
2.1. Padrão de dados Darwin Core: termos, conceitos e exemplos - Apresentação
2.2. Prática - Preparação de um conjunto de dados segundo o padrão de dados Darwin Core -
- Templates de tabela: Ocorrências, Eventos de Amostragem, Checklist.
- Exemplos de datasets: http://ipt.gbif.pt.
- Servidor IPT de teste: http://194.210.120.147:8080
- Darwin Core quick reference guide: https://dwc.tdwg.org/terms/
- GBIF Data Validator: https://www.gbif.org/tools/data-validator
- Dados para exercício:
Bloco 3 - Plataforma Integrated Publishing Toolkit (IPT) - 240 min
3.1. Introdução à plataforma IPT: estrutura, metadados, extensões, publicação, registo - Apresentação
3.2. Prática - Preparação de um conjunto de dados para publicação com IPT
Bloco 4 - Preparação de um artigo de dados - 30 min
4.1. Vantagens da publicação de artigos de dados e exemplos - Apresentação
4.2. Demonstração da preparação de um artigo de dados utilizando o IPT
M5 - Noções básicas sobre análises de dados e produção de mapas em R
Bloco 1 - Introdução a R
1.1. Configurando o R - Crash Course in R
1.2. Instalando pacotes através do CRAN
1.3. Instalando pacotes através do Github
1.4. Meu primeiro código R
Bloco 2 - Aprendendo R - uma cartilha
2.1. Como trabalhar no R
2.2. Atribuindo e chamando objetos
2.3. Tipos de objetos
2.4. Operadores e funções
2.5. Armazenando dados em dataframes
2.6. Importação, exportação e arquivamento
Bloco 3 - Análise de dados
3.1. Transformação de dados
3.2. Representação gráfica
3.3. Ajustando modelos lineares simulWeight.csv Cap7_exercicio4.rda
Bloco 4 - Geração de relatórios em RMarkdown
4.1. Um relatório simples em RMarkdown
3.3. Ajustando modelos estatísticos - ANOVA
Bloco 5 - Geração de mapas em R
5.1. Introdução. Maps in R
5.2. O que são dados espaciais. Portugal shapefile
5.3. Dados espaciais em R.
5.4. Recursos simples em R.
5.5. Modificar dados espaciais.
5.6. Filtre e selecione por unidades geográficas.
5.7. Crie novas unidades com st_union().
5.8. Crie novos shapefiles com st_write(). Portugal regions shapefile
5.9. Adicione dados de outros bancos de dados com left_join(). Portugal População
5.10. Mapeamento.
5.11. Criando centróides.
5.12. Variáveis de mapeamento.
5.13. Pontos de mapeamento. lobos.csv
5.14. Verifique as localidades das coordenadas e as coordenadas das localidades.
5.15. Bonus Trick: Inferência de dados espaciais.
5.16. Outros pacotes de mapas.
5.17. Exercicios. Soluções
Reportagem, RTC - Rádio Televisão Cabo-verdiana
13 de Julho de 2022
