O TROPIBIO, a Universidade Técnica do Atlântico e o GBIF Portugal apresentam a Formação Avançada em Mobilização de Dados da Biodiversidade em Cabo Verde. O curso decorreu de 11 a 15 de julho de 2022 no Instituto de Engenharia e Ciências do Mar da Universidade Técnica do Atlântico, Campus da Ribeira de Julião, São Vicente, Cabo Verde.
Este curso foi desenhado para estudantes e profissionais de Ciências Biológicas e áreas similares que pretendam adquirir competências na área de mobilização de dados de biodiversidade. O curso permite aos formandos aprender sobre a aquisição e mobilização de dados de biodiversidade utilizando o Darwin Core Standards (https://www.tdwg.org/standards/dwc/), um padrão de informação sobre a biodiversidade amplamente aceite pela comunidade científica internacional, bem como a publicação de dados de biodiversidade na base de dados do Global Biodiversity Information Facility – GBIF (https://www.gbif.org/).
O curso cobre todo o processo de mobilização de dados de biodiversidade desde a colheita à inserção em bases de dados até à publicação dos mesmos. O curso foi dividido em cinco módulos:
M1 - Fichas de campo e colheita de dados de biodiversidade in situ;
M2 – Qualidade dos dados de biodiversidade em OpenRefine;
M3 - Georreferenciação e mapeamento dos dados utilizando a ferramenta Geolocate;
M4 – Publicação dos dados de biodiversidade no GBIF;
M5:
- 5.1 Noções básicas sobre análises de dados e produção de mapas em R;
- 5.2 Mapas no QGIS
- 5.3 O maravilhoso mundo do R
No final do curso, os participantes aprovados receberam um certificado de participação.
Formadores
Raquel Vasconcelos, Evandro Lopes, Rui Figueira, Fernanda Alves Martins, Javier Martinez Arribas, Richard Ladle, Rui Freitas
Data e local:
11-15 de Julho de 2022 (das 9 as 18 horas),
Instituto de Engenharias e Ciências do Mar, Universidade Técnica do Atlântico, Campus da Ribeira de Julião, São Vicente, Cabo Verde.
Total de horas de formação: 35 horas
Língua do curso: Português
Programa, incluindo materiais do curso
Sessão de Abertura
Abertura oficial: Prof Dr Henrique Rendall, Presidente do Instituto de Engenharias e Ciências do Mar, Universidade Técnica do Atlântico
Apresentação do Tropibio/CIBIO/BIOPOLIS – Richard Ladle (Associação BIOPOLIS - CIBIO/InBIO)
M1 - Colheita de dados de biodiversidade in situ
1.1. Preparação de folhas de campo pelos formandos em grupos dos grupos-alvo à escolha (aprendizagem por projecto). Envio da ficha de campo:
raquel.vasconcelos@cibio.up.pt
1.2. Preenchimento das folhas de campo no terreno
M2 - Qualidade dos dados de biodiversidade em OpenRefine;
Bloco 1 - Introdução geral - 60 min
1.1. Introdução à informática para a Biodiversidade - Apresentação
1.2. Dados abertos e qualidade dos dados - Apresentação
Bloco 2 - Princípios para a qualidade de dados - 60 min
2.1. Princípios de qualidade de dados - Apresentação
2.2. Ontologias e padrões de dados de biodiversidade - Apresentação
Bloco 3 - Ferramentas e protocolos para a qualidade de dados - 90 min
3.1. Ferramentas e recursos para a qualidade de dados - Apesentação
3.2. Boas práticas para o uso de folhas de cálculo no manuseamento de dados - Apresent.
3.3. Prática de uso de ferramentas e folhas de cálculo - Exercício 01
Bloco 4 - OpenRefine - 120 min
4.1. OpenRefine I – deteção e correção de erros - Apresentação
4.2. Prática de uso do OpenRefine - I - Exercício 02
4.3. OpenRefine II – scripts para a correção de dados
4.4. Prática OpenRefine II – scripts - Exercício 03
Bloco 5 - Qualidade de dados taxonómicos - 30 min
5.1. Qualidade e correção de dados taxonómicos - Apresentação
M3 - Georreferenciação e mapeamento dos dados utilizando a ferramenta Geolocate;
Bloco 1 - Introdução geral - 30 min
1.1. Breve introdução à georreferenciação - Apresentação
Bloco 2 - Preparação da georreferenciação - 60 min
2.1. Preparar a georeferenciação - dados e ferramentas - Apresentação
2.2. Prática - Georreferenciação - preparação dos dados - Apresentação, Exercício 04
Bloco 3 - Limpeza dos dados com Openrefine - 60 min
3.1. Prática - Georreferenciação - limpeza dos dados com Openrefine - Exercício 05
Bloco 4 - Georreferenciação - Qualidade de dado - 30 min
4.1. Georreferenciação - Qualidade de dados - Apresentação
Bloco 5 - Fontes de dados e SIG - 60 min
5.1. Fontes de dados geográficos - Apresentação
5.2. Determinação de coordenadas em diferentes fontes - Apresentação
5.3. Introdução ao QGIS - Apresentação, guião
5.4. Prática - QGIS e georreferenciação de imagens - Exercício 06
Bloco 6 - Georreferenciação - 60 min
6.1. O exercício de georreferenciação - Apresentação
6.2. Guia prático de georreferenciação - guião
6.3. Prática - A ferramenta Georeferencing Calculator - Apresentação, Exercício 07
Bloco 7 - Geolocate - 60 min
7.1. Introdução ao Geolocate - Apresentação, guião
7.2. Prática - Prática de Geolocate - Exercício 08
7.3. Georreferenciação de lotes de registos com Geolocate - guião
7.4. Prática - Exercício de georreferenciação de lotes de registos- Exercício 09
M4 – Publicação dos dados de biodiversidade no GBIF
Bloco 1 - Introdução geral - 120 min
1.1. O panorama da informática para a biodiversidade e o papel do GBIF - Apresentação
1.3. Importância da publicação de dados através do GBIF
1.4. Ciência Aberta e Dados Abertos
1.5. Fluxo de publicação de dados através do GBIF
Bloco 2 - Padrão de dados Darwin Core - 90 min
2.1. Padrão de dados Darwin Core: termos, conceitos e exemplos - Apresentação
2.2. Prática - Preparação de um conjunto de dados segundo o padrão de dados Darwin Core -
- Templates de tabela: Ocorrências, Eventos de Amostragem, Checklist.
- Exemplos de datasets: http://ipt.gbif.pt.
- Servidor IPT de teste: http://194.210.120.147:8080
- Darwin Core quick reference guide: https://dwc.tdwg.org/terms/
- GBIF Data Validator: https://www.gbif.org/tools/data-validator
- Dados para exercício:
Bloco 3 - Plataforma Integrated Publishing Toolkit (IPT) - 240 min
3.1. Introdução à plataforma IPT: estrutura, metadados, extensões, publicação, registo - Apresentação
3.2. Prática - Preparação de um conjunto de dados para publicação com IPT
Bloco 4 - Preparação de um artigo de dados - 30 min
4.1. Vantagens da publicação de artigos de dados e exemplos - Apresentação
4.2. Demonstração da preparação de um artigo de dados utilizando o IPT
M5 - Noções básicas sobre análises de dados e produção de mapas em R
Bloco 1 - Introdução a R
1.1. Configurando o R - Crash Course in R
1.2. Instalando pacotes através do CRAN
1.3. Instalando pacotes através do Github
1.4. Meu primeiro código R
Bloco 2 - Aprendendo R - uma cartilha
2.1. Como trabalhar no R
2.2. Atribuindo e chamando objetos
2.3. Tipos de objetos
2.4. Operadores e funções
2.5. Armazenando dados em dataframes
2.6. Importação, exportação e arquivamento
Bloco 3 - Análise de dados
3.1. Transformação de dados
3.2. Representação gráfica
3.3. Ajustando modelos lineares simulWeight.csv Cap7_exercicio4.rda
Bloco 4 - Geração de relatórios em RMarkdown
4.1. Um relatório simples em RMarkdown
3.3. Ajustando modelos estatísticos - ANOVA
Bloco 5 - Geração de mapas em R
5.1. Introdução. Maps in R
5.2. O que são dados espaciais. Portugal shapefile
5.3. Dados espaciais em R.
5.4. Recursos simples em R.
5.5. Modificar dados espaciais.
5.6. Filtre e selecione por unidades geográficas.
5.7. Crie novas unidades com st_union().
5.8. Crie novos shapefiles com st_write(). Portugal regions shapefile
5.9. Adicione dados de outros bancos de dados com left_join(). Portugal População
5.10. Mapeamento.
5.11. Criando centróides.
5.12. Variáveis de mapeamento.
5.13. Pontos de mapeamento. lobos.csv
5.14. Verifique as localidades das coordenadas e as coordenadas das localidades.
5.15. Bonus Trick: Inferência de dados espaciais.
5.16. Outros pacotes de mapas.
5.17. Exercicios. Soluções
Reportagem, RTC - Rádio Televisão Cabo-verdiana
13 de Julho de 2022
