O GBIF Portugal implementou e mantém a infraestrutura informática necessária para assegurar a participação das instituições portuguesas no GBIF. Esta infraestrutura está totalmente interligada com a da rede global do GBIF e com a infraestrutura de investigação nacional PORBIOTA. Os serviços implementados, baseados em ferramentas informáticas de código aberto (open source), asseguram a seguinte sequência de actividades:
MOBILIZAÇÃO
O Nó Português do GBIF apoia as instituições nas actividades de catalogação e digitalização de colecções biológicas:
Software Specify
O software Specify 6 é uma ferramenta open-source de catalogação e gestão de colecções suportado pela Specify Collections Consortium. O consórcio foi criado em 2018, dando sequência aos vários projectos Specify financiados pela NSF e liderados pela Universidade do Kansas, durante 21 anos. O Nó Português tem colaborado com o projecto Specify, quer na tradução do software, quer na realização de cursos de formação.
Specify Virtuak Machine. A máquina virtual, disponível para VirtualBox, contém todo o software e base de dados de demonstração utilizadas nos cursos. Esta está preparada para ser importada para VirtualBox 7.
Armazenamento de imagens de espécimes biológicos
O Nó Português do GBIF assegura 100 TB de espaço de armazenamento de backup para imagens de espécimes de coleções biológicas. Este recurso resulta do investimento em equipamento realizado no âmbito do PORBIOTA. O equipamento está integrado na infraestrutura de computação distribuída do INCD. O serviço está disponível em https://arquivo.porbiota.pt.
PUBLICAÇÃO
A infraestrutura de apoio à publicação de dados de biodiversidade está baseada na ferramenta open source Integrated Publishing Toolkit (IPT). Este software foi desenvolvido e é mantido pelo Secretariado Internacional do GBIF.
IPT.GBIF.PT
O Nó Português mantém a instalação http://ipt.gbif.pt, que é utilizada pelas instituições nacionais para a publicação dos seus conjuntos de dados. Esta instalação é acreditada pelo GBIF como Centro de Alojamento de Dados (Data Hosting Centre), cumprindo um conjunto de requisitos de disponibilidade de serviço, administração da plataforma, segurança de dados e suporte. O serviço está baseado na infraestrutura informática do Instituto Superior de Agronomia.
Esta instalação está igualmente registada no recurso FAIRsharing.org, que documenta os padrões de dados e metadados, e inter-relações com bases de dados e políticas de dados.
Registo do IPT.GBIF.PT no FAIRsharing: https://fairsharing.org/FAIRsharing.gncawv (DOI:10.25504/FAIRsharing.gncawv)
O Nó Português do GBIF proporciona o uso desta infraestrutura a todas as instituições nacionais publicadoras de dados através do GBIF, e também a instituições publicadoras de dados de outros países da CPLP. Esta utilização é definida através do estabelecimento de um Acordo de Nível de Serviço.
INTEGRAÇÃO
A componente de integração da infraestrutura está relacionada com a agregação da informação dos conjuntos de dados publicados, incluindo rotinas de controlo de qualidade e de normalização de formatos. Associa ainda os metadados, informação institucional, entre outros. Esta componente da infraestrutura é assegurada pelo Secretariado Internacional do GBIF.
PESQUISA E ACESSO
Portal de Dados de Biodiversidade de Portugal
O Nó Português do GBIF implementou e mantém o Portal de Dados de Biodiversidade de Portugal, onde é possível aceder aos dados de ocorrência de biodiversidade publicados por instituições portuguesas através do GBIF, e aos dados publicados por instituições estrangeiras para o território nacional. Este sítio corresponde à implementação nacional da plataforma Atlas of Living Australia, desenvolvida pela infraestrutura de investigação com o mesmo nome, que é também o Nó Australiano do GBIF. Actualmente a plataforma é suportada pela comunidade Living Atlases, uma comunidade de Nós GBIF e outros parceiros, da qual faz parte o Nó Português do GBIF.
A implementação da plataforma pretende responder às necessidades de acesso aos dados de biodiversidade, com funcionalidades de visualização e análise da informação ajustadas a Portugal, que se relaciona com um contexto geográfico, administrativo, biogeográfico e ecológico específico para o país. Permite ainda ferramentas para análise da informação com maior detalhe e capacidade de discriminação. Assim, o utilizador pode fazer a verificação imediata da disponibilidade e adequabilidade da informação fornecida sem ter necessidade de descarregar os dados e analisá-los localmente.
Os dados que serão disponibilizados neste portal, para consulta, análise e descarregamento serão, na medida do possível, iguais aos que são disponibilizados no portal global, GBIF.org. As diferenças que poderão existir resultarão de dois fatores:
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Os dados do portal internacional foram atualizados, e ainda não foi possível reproduzir essa atualização no portal nacional
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Os dados foram processados pelo portal nacional, para fins de indexação, alterando dessa forma os dados
Os dados são, por essa razão, obtidos a partir do portal internacional GBIF.org, e nessa medida, apenas os dados publicados globalmente através do GBIF estarão disponíveis neste portal nacional.
O Portal de Dados faz parte de um conjunto de casos de uso de implementação de repositórios de dados institucionais e temáticos cuja recolha foi realizada pelo Grupo de Trabalho do Fórum de Gestão de Dados de Investigação 'Repositórios de Dados: Tecnologia, organização e certificação', e está documentado em https://doi.org/10.5281/zenodo.13847992.
Este portal implementa vários módulos do Atlas of Living Australia, cujo código fonte está disponível no seguinte repositório: https://github.com/AtlasOfLivingAustralia. As adaptações realizadas estão disponíveis no repositório do GBIF Portugal em https://github.com/GBIFPortugal. O portal está implementado sobre o serviço de cloud computing na INCD - Infraestrutura Nacional de Computação Distribuida, www.incd.pt, no âmbito da cooperação entre esta infraestrutura nacional e o PORBIOTA - E-Infraestrutura Portuguesa de Informação e Investigação em Biodiversidade. O Portal está disponível como um serviço no EOSC Marketplace em https://marketplace.eosc-portal.eu/services/gbif-portugal-occurrence-rec....
O Portal está implementado com a seguinte arquitetura:
A implementação do portal é suportada por um conjunto de servidores virtuais criados sobre o gestor de clouds OpenStack.
Nesta fase, o portal tem implementados os seguintes módulos do Living Atlases:
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Biocache: for searching occurrence records.
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Collectory: for managing metadata about institutions and their datasets.
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Images: for managing associated to records.
cuja arquitectura é a seguinte:
Pontos de acesso:
COMUNICAÇÃO
O portal institucional e de comunicação do Nó Português do GBIF, www.gbif.pt, serve como veículo de informação e comunicação à comunidade nacional sobre as actividades desenvolvidas pelo Nó, informação e notícias da rede global GBIF, actividades de cooperação e em projectos. Serve também como veículo de divulgação de ferramentas, manuais e outros no âmbito da informática para a biodiversidade, incluindo os materiais produzidos pelo GBIF. O portal está implementado sobre ferramentas open source, nomeadamente o gestor de conteúdos Drupal, e como gestor de dados o DBMS MySQL. O sítio é suportado pela infraestrutura informática do Instituto Superior de Agronomia.