Curso de formação: Publicação de dados de biodiversidade através do GBIF - 2022

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Objetivo do curso
Data e local
Descrição
Requisitos
Inscrição
Critérios de selecção dos alunos
Informações
Preparação do curso
Programa
Apresentações
Exercícios
Recursos adicionais
Dados de exemplo
Lista de participantes

 

Objetivo do curso
O principal objetivo do curso é dar formação sobre as metodologias e ferramentas para a organização, preparação e publicação de dados de biodiversidade através do GBIF.

Data e local
01-03 de Junho de 2022, Sala PORBIOTA (Ed. Principal), Instituto Superior de Agronomia, Lisboa.

Descrição
O curso, de cariz teórico-prático, é dirigido a investigadores ou professores, curadores de coleções biológicas e de história natural, colaboradores da administração pública central ou local, do sector privado, gestores de áreas protegidas, e membros de ONGs que estejam ativamente envolvidos na catalogação, monitorização e gestão de dados de biodiversidade. Adicionalmente, este curso oferece a oportunidade de capacitação dos parceiros da Infraestrutura de Investigação PORBIOTA para a publicação de dados de biodiversidade através do GBIF.

O curso cobrirá os seguintes tópicos:

  • Padrões de dados e organização de dados de biodiversidade

  • Controlo de qualidade e limpeza dos dados

  • Publicação de dados através da plataforma GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT)

  • Preparação e publicação de um artigo de dados

Requisitos
Idealmente, os participantes deste curso deverão trazer um conjunto de dados de biodiversidade para realizar as partes práticas de padronização, publicação e preparação de metadados e artigo de dados. No caso de não ter a possibilidade de trazer esse conjunto de dados, será fornecido um, como exemplo.

Inscrição
Pode efetuar a sua inscrição até 13 de Maio de 2022. Use para o efeito o formulário de inscrição. Para além dos seus dados, deverá informar sobre quais as motivações para participar no curso, e um pequeno resumo sobre a actividade anterior relacionada com dados de biodiversidade.

A lista de alunos seleccionada será publicada nesta página no dia 16 de Maio de 2022.

Critérios de selecção dos alunos
Devido ao número limitado de lugares, poderá ser necessário realizar a selecção das candidaturas, segundo os seguintes critérios:

  • Avaliação da motivação e experiência anterior;

  • A disponibilidade de um conjunto de dados próprio para publização

  • Número de candidaturas originárias da mesma instituição ou organização;

  • Ordem de inscrição.

Informações

Data: 01-03 de Junho de 2022
Local: Sala PORBIOTA (Ed. Principal), Instituto Superior de Agronomia, Lisboa
Como chegar: Tapada da Ajuda, Lisboa. Ver informações em http://www.gbif.pt/node/390
Organização: Nó Português do GBIF, Instituto Superior de Agronomia, no âmbito do PORBIOTA
Formador: Rui Figueira
Língua do curso: Português
Nº máximo de participantes: 20
Total de horas de formação: 24h
Data limite para candidatura: 13 de Maio de 2022
Preço de inscrição: gratuito
Contacto: node@gbif.pt
Inscrição: através do seguinte formulário

Preparação do curso
Os participantes que utilizem um conjunto de dados próprio para ser utilizado nas sessões práticas, devem compilar previamente a informação necessária, de forma a assegurar que têm todos os dados necessária para a criação de um recurso pronto a ser publicado através do GBIF, no final do curso.

1. Tabela de dados
Idealmente, a tabela de dados de ocorrência ou amostragem deve incluir a seguinte informação:
- nome científico da espécie, incluindo o nome do autor da espécie, assim como informação dos níveis taxonómicos superiores: Reino, Filo, Classe, Ordem, Família, Género;
- data de observação/colheita, nome do observador/colector
- local de observação ou colheita, assim como os níveis administrativos superiores: País, Distrito (Província), Município
- coordenada geográfica (se disponível), assim como o método pelo qual foram obtidas (GPS, a partir de uma carta, com Google maps...)
- nome do determinador/identificador da espécie
- no caso de amostragens ou inventários, a frequência/abundância/nº de indivíduos observados, assim como o protocolo de amostragem (e.g. captura com armadilha) e esforço de amostragem (e.g. duração da captura)
- notas sobre o habitat, notas sobre o local, notas sobre a ocorrência (e.g associado a outras espécies)

2. Descrição dos dados
A descrição dos dados (metadados) requer também a compilação da seguinte informação:
- nome da entidade detentora dos dados
- resumo sobre o conjunto de dados (tipo de fonte, cobertura taxonómica, cobertura geográfica e temporal do conjunto de dados)
- descrição sobre a cobertura geográfica, taxonómica, temporal
- se aplicável, informação sobre o projeto no qual se obtiveram os dados, incluindo fontes de financiamento, descrição da área de estudo e metodologia
- descrição sobre a área de estudo, metodologia de amostragem, controlo de qualidade e diferentes passos da realização do trabalho
- referências bibliográficas de recursos utilizados para preparar o conjunto de dados, assim como de recursos que utilizaram os dados.

Normalmente esta informação está disponível nos projectos ou trabalhos realizados sobre o âmbito do conjunto de dados, pelo que a listagem aqui feita, não sendo exautiva, serve para assegurar que esta informação está acessível durante o curso.

 

Programa

Dia 1, Quarta-feira, 1 de Junho de 2022

09:30-10:30h - Bloco 1 - Introdução geral
1.1. Boas-vindas e estrutura do curso
1.2. O panorama da informática para a biodiversidade e o papel do GBIF
1.3. Importância da publicação de dados através do GBIF
1.4. Ciência Aberta e Dados Abertos
1.5. Fluxo de publicação de dados através do GBIF

10:30-11:00h - Intervalo

11:00-12:30h - Bloco 2 - Qualidade e limpeza de dados
2.1. Introdução ao padrão de dados Darwin Core
2.2. Conceitos de qualidade de dados e controlo de qualidade
    2.2.1. Dados taxonómicos
    2.2.2. Dados geográficos
    2.2.3. Pessoas e entidades, datas
    2.2.4. Dados sensíveis
2.3. Ferramentas e recursos para a limpeza de dados

12:30-14:00h - Intervalo para almoço

14:00-16:00h - Bloco 3 - Qualidade e limpeza de dados (prática) - I
3.1. Boas práticas para o uso de folhas de cálculo no manuseamento de dados
3.2. Prática de uso de ferramentas e folhas de cálculo

16:00-16:30h - Intervalo

16:30-17:30h - Bloco 4 - Qualidade e limpeza de dados (prática) - II
4.1. OpenRefine: demonstração e exemplos
4.2. Prática de limpeza de dados com OpenRefine

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Dia 2, Quinta-feira, 2 de Junho de 2022

09:30-10:30h - Bloco 5 - Padrão de dados Darwin Core
5.1. Padrão de dados Darwin Core: termos, conceitos e exemplos
5.2. Preparação de um conjunto de dados segundo o padrão de dados Darwin Core (prática)

10:30-11:00h - Intervalo

11:00-12:30h - Bloco 6 - Padrão de dados Darwin Core (prática)
6.1. Preparação de um conjunto de dados segundo o padrão de dados Darwin Core (continuação)

12:30-14:00h - Intervalo para almoço

14:00-16:00h - Bloco 7 - Plataforma Integrated Publishing Toolkit (IPT)
7.1. Introdução à plataforma IPT: estrutura, metadados, extensões, publicação, registo
7.2. Preparação de um conjunto de dados para publicação com IPT (prática)

16:00-16:30h - Intervalo

16:30-17:30h - Bloco 8 - Plataforma Integrated Publishing Toolkit (IPT) (prática)
8.1. Preparação de um conjunto de dados para publicação com IPT (continuação)

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Dia 3, Sexta-feira, 3 de Junho de 2022

09:30-10:30h - Bloco 9 - Preparação de um artigo de dados
9.1. Vantagens da publicação de artigos de dados e exemplos
9.2. Demonstração da preparação de um artigo de dados utilizando o IPT

10:30-11:00h - Intervalo

11:00-12:30h - Bloco 10 - Preparação de um artigo de dados (prática) - I
10.1. Preparação de um artigo de dados utilizando o IPT (prática)

12:30-14:00h - Intervalo para almoço

14:00-16:00h - Bloco 11 - Preparação de um artigo de dados (prática) - II
11.1. Preparação de um conjunto de dados para publicação com IPT (continuação)

16:00-16:30h - Intervalo

16:30-17:30h - Bloco 12 - Conclusão e avaliação do curso
12.1. Sumário, discussão, conclusões e avaliação do curso


Apresentações

Aqui serão adicionadas as apresentações

Lista de Participantes

ID Nome Completo Organização
1 Ascensão Ravara Universidade de Aveiro & CESAM
2 Fernanda Alves Martins CIBIO-InBIO/BIOPOLIS
3 Heliana Lilita Gonçalves Teixeira CESAM, Universidade de Aveiro
4 Javier Martinez Arribas CIBIO-InBIO/BIOPOLIS
5 João Miguel Ferreira Nunes Rede de Estações de Borboletas Nocturnas
6 Roberto Keller Museu Nacional de História Natural e da Ciência, ULisboa
7 Robin Payne Instituto Superior de Agronomia

Créditos: imagem de César Garcia.

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