Formação Avançada em Mobilização de Dados de Biodiversidade em Cabo Verde

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O TROPIBIO, a Universidade Técnica do Atlântico e o GBIF Portugal apresentam a Formação Avançada em Mobilização de Dados da Biodiversidade em Cabo Verde. O curso decorreu de 11 a 15 de julho de 2022 no Instituto de Engenharia e Ciências do Mar da Universidade Técnica do Atlântico, Campus da Ribeira de Julião, São Vicente, Cabo Verde.

Este curso foi desenhado para estudantes e profissionais de Ciências Biológicas e áreas similares que pretendam adquirir competências na área de mobilização de dados de biodiversidade. O curso permite aos formandos aprender sobre a aquisição e mobilização de dados de biodiversidade utilizando o Darwin Core Standards (https://www.tdwg.org/standards/dwc/), um padrão de informação sobre a biodiversidade amplamente aceite pela comunidade científica internacional, bem como a publicação de dados de biodiversidade na base de dados do Global Biodiversity Information Facility – GBIF (https://www.gbif.org/).

O curso cobre todo o processo de mobilização de dados de biodiversidade desde a colheita à inserção em bases de dados até à publicação dos mesmos. O curso foi dividido em cinco módulos:

M1 - Fichas de campo e colheita de dados de biodiversidade in situ;
M2 – Qualidade dos dados de biodiversidade em OpenRefine;
M3 - Georreferenciação e mapeamento dos dados utilizando a ferramenta Geolocate;
M4 – Publicação dos dados de biodiversidade no GBIF;
M5:

  • 5.1 Noções básicas sobre análises de dados e produção de mapas em R;
  • 5.2 Mapas no QGIS
  • 5.3 O maravilhoso mundo do R

No final do curso, os participantes aprovados receberam um certificado de participação.

Formadores
Raquel Vasconcelos, Evandro Lopes, Rui Figueira, Fernanda Alves Martins, Javier Martinez Arribas, Richard Ladle, Rui Freitas

Data e local:
11-15 de Julho de 2022 (das 9 as 18 horas),
Instituto de Engenharias e Ciências do Mar, Universidade Técnica do Atlântico, Campus da Ribeira de Julião, São Vicente, Cabo Verde.

Total de horas de formação: 35 horas
Língua do curso: Português

 

Programa, incluindo materiais do curso

Sessão de Abertura

Abertura oficial: Prof Dr Henrique Rendall, Presidente do Instituto de Engenharias e Ciências do Mar, Universidade Técnica do Atlântico

Apresentação do Tropibio/CIBIO/BIOPOLIS – Richard Ladle (Associação BIOPOLIS - CIBIO/InBIO)

 

M1 - Colheita de dados de biodiversidade in situ

1.1. Preparação de folhas de campo pelos formandos em grupos dos grupos-alvo à escolha (aprendizagem por projecto). Envio da ficha de campo:

raquel.vasconcelos@cibio.up.pt

1.2. Preenchimento das folhas de campo no terreno

 

M2 - Qualidade dos dados de biodiversidade em OpenRefine;

Bloco 1 - Introdução geral - 60 min

1.1. Introdução à informática para a Biodiversidade - Apresentação

1.2. Dados abertos e qualidade dos dados - Apresentação

Bloco 2 - Princípios para a qualidade de dados - 60 min

2.1. Princípios de qualidade de dados - Apresentação

2.2. Ontologias e padrões de dados de biodiversidade - Apresentação

Bloco 3 - Ferramentas e protocolos para a qualidade de dados - 90 min

3.1. Ferramentas e recursos para a qualidade de dados - Apesentação

3.2. Boas práticas para o uso de folhas de cálculo no manuseamento de dados - Apresent.

3.3. Prática de uso de ferramentas e folhas de cálculo - Exercício 01

Bloco 4 - OpenRefine - 120 min

4.1. OpenRefine I – deteção e correção de erros - Apresentação

4.2. Prática de uso do OpenRefine - I - Exercício 02

4.3. OpenRefine II – scripts para a correção de dados

4.4. Prática OpenRefine II – scripts - Exercício 03

Bloco 5 - Qualidade de dados taxonómicos - 30 min

5.1. Qualidade e correção de dados taxonómicos - Apresentação

 

M3 - Georreferenciação e mapeamento dos dados utilizando a ferramenta Geolocate;

Bloco 1 - Introdução geral - 30 min

1.1. Breve introdução à georreferenciação - Apresentação

Bloco 2 - Preparação da georreferenciação - 60 min

2.1. Preparar a georeferenciação - dados e ferramentas - Apresentação

2.2. Prática - Georreferenciação - preparação dos dados - Apresentação, Exercício 04

Bloco 3 - Limpeza dos dados com Openrefine - 60 min

3.1. Prática - Georreferenciação - limpeza dos dados com Openrefine - Exercício 05

Bloco 4 - Georreferenciação - Qualidade de dado - 30 min

4.1. Georreferenciação - Qualidade de dados - Apresentação

Bloco 5 - Fontes de dados e SIG - 60 min

5.1. Fontes de dados geográficos - Apresentação

5.2. Determinação de coordenadas em diferentes fontes - Apresentação

5.3. Introdução ao QGIS - Apresentação, guião

5.4. Prática - QGIS e georreferenciação de imagens - Exercício 06

Bloco 6 - Georreferenciação - 60 min

6.1. O exercício de georreferenciação - Apresentação

6.2. Guia prático de georreferenciação - guião

6.3. Prática - A ferramenta Georeferencing Calculator - Apresentação, Exercício 07

Bloco 7 - Geolocate - 60 min

7.1. Introdução ao Geolocate - Apresentação, guião

7.2. Prática - Prática de Geolocate - Exercício 08

7.3. Georreferenciação de lotes de registos com Geolocate - guião

7.4. Prática - Exercício de georreferenciação de lotes de registos- Exercício 09

 

M4 – Publicação dos dados de biodiversidade no GBIF

Bloco 1 - Introdução geral - 120 min

1.1. O panorama da informática para a biodiversidade e o papel do GBIF - Apresentação

1.3. Importância da publicação de dados através do GBIF

1.4. Ciência Aberta e Dados Abertos

1.5. Fluxo de publicação de dados através do GBIF

Bloco 2 - Padrão de dados Darwin Core - 90 min

2.1. Padrão de dados Darwin Core: termos, conceitos e exemplos - Apresentação

2.2. Prática - Preparação de um conjunto de dados segundo o padrão de dados Darwin Core -

Bloco 3 - Plataforma Integrated Publishing Toolkit (IPT) - 240 min

3.1. Introdução à plataforma IPT: estrutura, metadados, extensões, publicação, registo - Apresentação

3.2. Prática - Preparação de um conjunto de dados para publicação com IPT

Bloco 4 - Preparação de um artigo de dados - 30 min

4.1. Vantagens da publicação de artigos de dados e exemplos - Apresentação

4.2. Demonstração da preparação de um artigo de dados utilizando o IPT

 

M5 - Noções básicas sobre análises de dados e produção de mapas em R

Bloco 1 - Introdução a R

1.1. Configurando o R - Crash Course in R

1.2. Instalando pacotes através do CRAN

1.3. Instalando pacotes através do Github

1.4. Meu primeiro código R

Bloco 2 - Aprendendo R - uma cartilha

2.1. Como trabalhar no R

2.2. Atribuindo e chamando objetos

2.3. Tipos de objetos

2.4. Operadores e funções

2.5. Armazenando dados em dataframes

2.6. Importação, exportação e arquivamento

Bloco 3 - Análise de dados

3.1. Transformação de dados

3.2. Representação gráfica

3.3. Ajustando modelos lineares simulWeight.csv    Cap7_exercicio4.rda

Bloco 4 - Geração de relatórios em RMarkdown

4.1. Um relatório simples em RMarkdown

3.3. Ajustando modelos estatísticos - ANOVA

Bloco 5 - Geração de mapas em R

5.1. Introdução. Maps in R

5.2. O que são dados espaciais. Portugal shapefile

5.3. Dados espaciais em R.

5.4. Recursos simples em R.

5.5. Modificar dados espaciais.

5.6. Filtre e selecione por unidades geográficas.

5.7. Crie novas unidades com st_union().

5.8. Crie novos shapefiles com st_write(). Portugal regions shapefile

5.9. Adicione dados de outros bancos de dados com left_join(). Portugal População

5.10. Mapeamento.

5.11. Criando centróides.

5.12. Variáveis de mapeamento.

5.13. Pontos de mapeamento. lobos.csv

5.14. Verifique as localidades das coordenadas e as coordenadas das localidades.

5.15. Bonus Trick: Inferência de dados espaciais.

5.16. Outros pacotes de mapas.

5.17. Exercicios. Soluções

 

Reportagem, RTC - Rádio Televisão Cabo-verdiana

13 de Julho de 2022

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