Esta edição do curso irá apresentar, pela primeira vez, como publicar dados de ocorrência derivados de DNA (incluindo DNA ambiental), e dados ecológicos através da extensão Humboldt
Objetivo do curso
Data e local
Descrição
Requisitos
Inscrição
Critérios de selecção dos alunos
Informações
Preparação do curso
Programa
Apresentações
Exercícios
Lista de participantes
Objetivo do curso
O principal objetivo do curso é dar formação sobre as metodologias e ferramentas para a organização, preparação e publicação de dados de biodiversidade através do GBIF.
Data e local
25-27 de Junho de 2025, Sala PORBIOTA (sala 48), Instituto Superior de Agronomia (Edifício Principal), Lisboa.
Descrição
O curso, de cariz teórico-prático, destina-se a aprender e praticar como publicar dados de biodiversidade através do GBIF. Esta edição do curso irá apresentar, pela primeira vez, como publicar dados de ocorrência derivados de DNA (incluindo DNA ambiental), e dados ecológicos através da extensão Humboldt. É dirigido a investigadores ou professores, curadores de coleções biológicas e de história natural, colaboradores da administração pública ou do sector privado, gestores de áreas protegidas, e membros de ONGs que estejam ativamente envolvidos na catalogação, monitorização e gestão de dados de biodiversidade.
O curso cobrirá os seguintes tópicos:
-
Padrões de dados e organização de dados de biodiversidade
-
Publicação de dados derivados de DNA e DNA ambiental
-
Publicação de dados ecológicos com a extensão Humboldt
-
Controlo de qualidade e limpeza dos dados
-
Publicação de dados através da plataforma GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT)
Requisitos
Idealmente, os participantes deste curso deverão trazer um conjunto de dados de biodiversidade para realizar as partes práticas de padronização, publicação e preparação de metadados e artigo de dados. No caso de não ter a possibilidade de trazer esse conjunto de dados, será fornecido um, como exemplo.
Inscrição
Pode efetuar a sua inscrição até 11 18 de Junho de 2025. Use para o efeito o formulário de inscrição. Para além dos seus dados, deverá informar sobre quais as motivações para participar no curso, e um pequeno resumo sobre a actividade anterior relacionada com dados de biodiversidade.
A lista de alunos seleccionada será publicada nesta página no dia 13 de Junho de 2025.
Critérios de selecção dos alunos
Devido ao número limitado de lugares, poderá ser necessário realizar a selecção das candidaturas, segundo os seguintes critérios:
-
Avaliação da motivação e experiência anterior;
-
A disponibilidade de um conjunto de dados próprio para publicação
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Número de candidaturas originárias da mesma instituição ou organização;
-
Ordem de inscrição.
Data: 25-27 de Junho de 2025
Local: Instituto Superior de Agronomia, Edifício Principal, Sala PORBIOTA (sala 48), Lisboa
Como chegar: Tapada da Ajuda, Lisboa. Ver informações em http://www.gbif.pt/node/390
Organização: Nó Português do GBIF, Instituto Superior de Agronomia
Formador: Rui Figueira (GBIF Portugal)
Língua do curso: Português
Nº máximo de participantes: 20
Total de horas de formação: 24h
Data limite para candidatura: 11 de Junho de 2025Prazo alargado: 18 de Junho de 2025.
Preço de inscrição: gratuito
Contacto: node@gbif.pt
Inscrição: através do seguinte formulário
Preparação do curso
Os participantes que utilizem um conjunto de dados próprio para ser utilizado nas sessões práticas, devem compilar previamente a informação necessária, de forma a assegurar que têm todos os dados necessária para a criação de um recurso pronto a ser publicado através do GBIF, no final do curso.
1. Tabela de dados
Idealmente, a tabela de dados de ocorrência ou amostragem deve incluir a seguinte informação:
- nome científico da espécie, incluindo o nome do autor da espécie, assim como informação dos níveis taxonómicos superiores: Reino, Filo, Classe, Ordem, Família, Género;
- data de observação/colheita, nome do observador/colector
- local de observação ou colheita, assim como os níveis administrativos superiores: País, Distrito (Província), Município
- coordenada geográfica (se disponível), assim como o método pelo qual foram obtidas (GPS, a partir de uma carta, com Google maps...)
- nome do determinador/identificador da espécie
- no caso de amostragens ou inventários, a frequência/abundância/nº de indivíduos observados, assim como o protocolo de amostragem (e.g. captura com armadilha) e esforço de amostragem (e.g. duração da captura)
- notas sobre o habitat, notas sobre o local, notas sobre a ocorrência (e.g associado a outras espécies)
Os participantes com dados de sequências genéticas ou dados ecológicos deverão ter um bom conhecimento dos mesmos, incluindo protocolos, metodologias, ferramentas utilizadas na sua produção.
2. Descrição dos dados
A descrição dos dados (metadados) requer também a compilação da seguinte informação:
- nome da entidade detentora dos dados
- resumo sobre o conjunto de dados (tipo de fonte, cobertura taxonómica, cobertura geográfica e temporal do conjunto de dados)
- descrição sobre a cobertura geográfica, taxonómica, temporal
- se aplicável, informação sobre o projeto no qual se obtiveram os dados, incluindo fontes de financiamento, descrição da área de estudo e metodologia
- descrição sobre a área de estudo, metodologia de amostragem, controlo de qualidade e diferentes passos da realização do trabalho
- referências bibliográficas de recursos utilizados para preparar o conjunto de dados, assim como de recursos que utilizaram os dados.
Normalmente esta informação está disponível nos projectos ou trabalhos realizados sobre o âmbito do conjunto de dados, pelo que a listagem aqui feita, não sendo exautiva, serve para assegurar que esta informação está acessível durante o curso.
(descarregar programa em pdf)
Dia 1, Quarta-feira, 25 de Junho
09:00-09:30h - Bloco 0 - Apresentação
0.1. Boas-vindas
0.2. Apresentação dos participantes
09:30-10:30h - Bloco 1 - Introdução geral
1.1. O panorama da informática para a biodiversidade e o papel do GBIF
1.2. Importância da publicação de dados através do GBIF
1.3. Ciência Aberta e Dados Abertos
1.4. Fluxo de publicação de dados através do GBIF
10:30-11:00h - Intervalo
11:00-12:30h - Bloco 2 - Normalização dos dados
2.1. Introdução ao padrão de dados Darwin Core
2.2. Extensões do padrão Darwin Core
2.3. Extensão Humboldt para dados ecológicos - Kate Ingenloff (Secretariado do GBIF, em inglês)
2.4. Publicação de dados baseados em DNA e metabarcoding - Tobias Frøslev (Secretariado do GBIF, em inglês)
12:30-14:00h - Intervalo para almoço
14:00-16:00h - Bloco 3 - Qualidade e limpeza de dados
3.2. Conceitos de qualidade de dados e controlo de qualidade
3.2.1. Dados taxonómicos
3.2.2. Dados geográficos
3.2.3. Pessoas e entidades, datas
3.2.4. Dados sensíveis
3.3. Ferramentas e recursos para a limpeza de dados
16:00-16:30h - Intervalo
16:00-18:00h - Bloco 4 - Qualidade e limpeza de dados (prática) - I
4.1. Boas práticas para o uso de folhas de cálculo no manuseamento de dados
4.2. Prática de uso de ferramentas e folhas de cálculo - Exercício 1
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Dia 2, Quinta-feira, 26 de Junho
09:00-09:30h - Bloco 5 - Revisão do dia 1
09:30-10:30h - Bloco 6 - Qualidade e limpeza de dados (prática) - II
6.1. OpenRefine: demonstração e exemplos
6.2. Prática de limpeza de dados com OpenRefine
10:30-11:00h - Intervalo
11:00-12:30h - Bloco 7 - Padrão de dados Darwin Core
7.1. Preparação de um conjunto de dados segundo o padrão de dados Darwin Core
12:30-14:00h - Intervalo para almoço
14:00-16:00h - Bloco 8 - Plataforma Integrated Publishing Toolkit (IPT)
8.1. Introdução à plataforma IPT: estrutura, metadados, extensões, publicação, registo
8.2. Preparação de um conjunto de dados para publicação com IPT (prática)
16:00-16:30h - Intervalo
16:30-18:00h - Bloco 8 - Plataforma Integrated Publishing Toolkit (IPT) (prática)
8.2. Preparação de um conjunto de dados para publicação com IPT (continuação)
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Dia 3, Sexta-feira, 27 de Junho
09:00-09:30h - Bloco 9 - Revisão do dia 2
09:30-10:00h - Bloco 10 - Preparação de um artigo de dados
10.1. Vantagens da publicação de artigos de dados e exemplos
10.2. Demonstração da preparação de um artigo de dados utilizando o IPT
10:00-10:30h - Bloco 11 - Preparação de um artigo de dados (prática) - I
11.1. Preparação de um artigo de dados utilizando o IPT (prática)
10:30-11:00h - Intervalo
11:00-12:30h - Bloco 11 - Preparação de um artigo de dados (prática)
11.1. Preparação de um artigo de dados utilizando o IPT (prática)
12:30-14:00h - Intervalo para almoço
14:00-15:30h - Bloco 11 - Preparação de um artigo de dados (prática)
11.1. Preparação de um conjunto de dados para publicação com IPT (continuação)
15:30-16:00h - Intervalo
16:00-17:00h - Bloco 12 - Conclusão e avaliação do curso
12.1. Sumário, discussão, conclusões e avaliação do curso
Aqui serão adicionados of ficheiros de todas as apresentações.
Aqui serão adicionados of ficheiros de todas as apresentações.
| ID | Nome | Organização | País |
| 1 | Ana Luísa Felgueiras de Brito Machado | CESAM - Universidade de Aveiro | Portugal |
| 2 | André Marques Gomes | Mota-Engil ATIV | Portugal |
| 3 | Domingos Mumbundo António Francisco | Centro de Botânica da Universidade Agostinho Neto | Angola |
| 4 | Elsa Maria Borges da Silva | Instituto Superior de Agronomia | Portugal |
| 5 | Francisco Carreira das Neves Ascenção Santos | Mota-Engil ATIV | Portugal |
| 6 | Inês Daniela Herculano Ramires | Instituto Superior de Agronomia | Portugal |
| 7 | Inês Maria Castelhano Graça | Instituto Superior de Agronomia | Portugal |
| 8 | Jerónimo da Graça Bastos | Instituto Superior de Agronomia | Portugal |
| 9 | Leónia do Carmo dos Santos Nunes | Instituto Superior de Agronomia | Portugal |
| 10 | Madalena Sottomayor | Instituto Superior de Agronomia | Portugal |
| 11 | Mário Rui Canelas Boieiro | Grupo da Biodiversidade dos Açores - CE3C/UAc | Portugal |
| 12 | Matilde Pereira Tavares | Instituto Superior de Agronomia | Portugal |
| 13 | Michele Petrillo | Instituto Superior de Agronomia | Portugal |
| 14 | Miguel Cisneiros | BioData.pt | Portugal |
| 15 | Participante* | Instituto Superior de Agronomia | Portugal |
| 16 | Participante* | Instituto Superior de Agronomia | Portugal |
| 17 | Rafaela Mortágua | Universidade de Coimbra | Portugal |
| 18 | Rui Miguel Martins Gaspar | Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge | Portugal |
| 19 | Rui Peres | INIAV | Portugal |
| 20 | Tomás Gabriel Monteiro Correia | Museu da Ciência da Universidade de Coimbra | Portugal |
| 21 | Vera Lúcia dos Reis Ferreira | Instituto Superior de Agronomia | Portugal |
* Dois participantes optaram por não autorizar a publicação do nome.
Fonte de financiamento
Este curso é uma actividade do GBIF.PT-BDMC, que está integrada no projeto de criação dos Centros para a GDI, inserido no Programa Nacional de Ciência Aberta e Dados Abertos de Investigação (PNCADAI), uma medida do investimento RE-C05-i08 – Ciência Mais Digital financiado pelo Plano de Recuperação e Resiliência (PRR).
